松本市四賀化石館のある松本市東北部の四賀地区一帯には、別所層や青木層など、新生代第三紀の化石を多く含む地層が広く分布し、長野県内でも有数の化石産出地のひとつとして知られています。
1988年(昭和63年)に反町の保福寺川川岸の露頭で小学生によって偶然にも掘り出された化石は発掘の結果、マッコウクジラの全身骨格だった事が判明し、環太平洋でも二例しかない大発見となりました。当時の四賀村政は、この化石を含め、村内から発掘されたクジラ、魚介類、植物、他を収蔵・展示する目的で1989年(平成元年)に四賀村営化石館を開館しました。
世界最古と認定されたマッコウクジラの化石は全長約5.5mもあり迫力満点。化石を採取したりクリーニングして学ぶ化石教室も開かれています。