「パイナガマ」は、漢字で表記すると「南長間」となる。宮古島の方言で、「パイ」は南を意味し、「ナガマ」は長(ナガ)い浜(ハマ)が訛ったものと考えられている。つまり、かつての平良の街(蔵元・漲水御嶽)を起点として、南側に位置する長い砂浜を意味する。
かつては、東洋一の砂浜と謳われたが、旧平良市(平良港)の港湾開発が進むのと同時に、防波堤と平良市街地より流れ込む生活排水等により汚染が進んだ。また、海流が急激に変わったことから、かつてあった砂浜は海流に流され移動してしまい、サンゴの死骸等の小石が散乱し、島内の他ビーチと比較すると海水浴場としてあまり良好な環境とは言いがたかった。クラゲが発生することや、台風のあとにサメが迷い込むこともあった。この状態は西暦1985年頃から2000年頃まで続いた。
このことを受けてボランティア団体及び宮古島市(合併前は平良市)の下水道工事や周辺美化の結果、現在2011年では比較的汚染は改善されつつある。 平良市の繁華街から徒歩圏内ということと、周辺にホテルや若者向けゲストハウスが点在することから、市民や観光客の憩いの場になっている。