水族館内には水量7,500m?の世界最大級の大水槽『黒潮の海』を設置するほか、総展示槽数は77槽。「沖縄の海との出会い」をコンセプトに、イノー（沖縄の方言でサンゴ礁の縁の浅瀬のこと）、珊瑚礁、黒潮の海、深海と様々な海の生物を紹介している。なかでも世界で初めて長期飼育に成功したジンベエザメやオニイトマキエイ（マンタ）が人気の展示となっており、ジンベエザメは水族館のキャラクターともなっている。また、「サメ博士の部屋」では、サメについての様々な知識を学ぶことができる他、併設されている「危険ザメの海」水
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