札幌市博物館活動センターは北・その自然と人を基本テーマとして自然系総合博物館の計画推進のための活動拠点として2001年11月に開設されました。
札幌市博物館活動センターは活動のフィールドは石狩低地帯を中心とし、人材、実物資料、情報を蓄積しながら成長発展する博物館を目指しています。市民参加を博物館づくりの大きな柱の1つとし、例えば2008年から2010年には、札幌市セミ調査として約200人の市民の協力によるセミの抜け殻調査を実施し、その成果をホームページやリーフレットで公開しています。
また施設内には、サッポロカイギュウやハクジラ化石の展示、石狩低地帯の地史や動植物を紹介する収蔵展示室のほか、実習室や講義室で市民向けの講座や体験学習会も実施し、市民とともに活動する博物館として機能しています。