新宿御苑の敷地は1590年徳川家康の家臣内藤清成に授けられた江戸屋敷の一部です。
四方を四谷・代々木・千駄ヶ谷・大久保の面している広大な敷地で街道も交差する重要な一帯として信頼できる家臣内藤家に託されました。
現在の大木戸門を入ったところにある玉藻池を中心をした日本庭園は1772年完成した内藤家の庭園「玉川園」の一部です。
明治5年、内藤家から上納された58.3ヘクタールの土地に近代農業振興を目的とした「内藤新宿試験場」が設置されました。明治10年駒場に移動し東京大学農学部の前身駒場農学校になりました。
明治12年宮内省所管の「新宿植物御園」と成り、鴨池・動物園（後の上野動物園）などが造られました。戦争で多くを焼失しましたが、旧御涼亭と御休所は残りました。
昭和24年から「国民公園新宿御苑」として一般公開されています。
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