知床自然センターはウトロの町から北東に3km、知床峠と知床五湖への分岐点にあります。こちらは資料こそロビー展示でヒグマの冬眠するねぐらの実物大模型やヒグマを捕獲する檻などしかなく、レストランや土産物屋が充実していたりと、一般的なネイチャーセンターとは趣が異なり、道の駅に近いような雰囲気です。
その中でも最大の特徴は500円と有料ではあるが高さ12m、幅20mの大型スクリーン「ダイナビジョン」で知床の美しい自然の映像「四季知床」を見せてくれることがあります。
また、床五湖へのバスの発着場所でもあり、またフレペの滝への入り口でもあり、まさにウトロ側から見た知床の玄関口です。
また知床五湖・フレペの滝ネイチャーウオッチング、夜の動物ウオッチング、オジロワシ・オオワシ観察会などの四季の催しや自然体験などのフィールド講座はここをベースとして行われており、知床の自然に精通したスタッフも駐在していて、知床の自然の概要、ヒグマの話、生態系の不思議など調査研究の最新データも織り交ぜた楽しく学べるミニレクチャーも不定期に開催されています。