宝琳院は和銅4年（711年）行基菩薩の建立と伝えられています。
行基菩薩の墓石が祀られています。江戸時代末期まで、豪覚、源覚、円月、澄尊、澄舜、豪盛、豪円、伯庵といずれも佐賀の地頭、龍造寺家が住職をつとめていました。
明治7年（1874年）災害により本堂その他の建物が全倒壊、一時廃寺と化しましたが、明治27年（1894年）須古水堂安福寺の嘉瀬慶範師によって本堂が仮設され、昭和4年から慶範師の師弟嘉瀬範護師によって再建されました。
昭和8年本堂が落成、昭和12年庫裡が完成。霊廟所、石柱の山門が整備されています。
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